城市仓储一级网络中陆上运输站场节点“或缺”上海大小洋山深水港、宝山虹口等区域的内河码头、上海北郊火车站、浦东虹桥机场、嘉定普陀陆上运输北出口、闵行松江处的陆上运输南出口等构成了上海对外运输的站场节点，也是上海城市仓储网络的一级网络。在一级网络中问题比较突出的是陆上运输场所。随着城市地理空间的演化，陆上运输的南北两个站场逐渐被分解外推，历史上所形成的北方、南方停车场已被关停迁移，但后续的空间布局配套工作没有跟上，造成两地外地车辆聚而不散、市场管理混乱的新问题。北方停车场所在地有市级项目西北物流园区，以及*近正在规划实施的陆上货运交通配载中心，可以在一定程度上解决搬迁停车场后货物送达和返城配载问题，南方停车场由于没有落实原有停车场功能的承载实体，问题更为突出。
仓储的空间布局与工业区不配套近十年来上海各近郊、远郊区县共建成41个工业园区，仓储作为商贸业制造业的重要支撑环节，围绕工业园区发展是必然选择。然而由于缺乏整体规划与政策引导，工业园区内或周边的仓库配套服务跟不上，工业区所在区原有仓库却占用了大量的土地，投入产出绩效不佳，重复运输、空载运输、迂回运输等不合理运输现象大量存在，此外这些仓库的设计和管理方面与工业园区的要求还有很大距离，不能满足市场对该区域物流服务的需求，因此对各区现有仓库的整顿治理将影响工业区经济潜力的发挥。
仓储布局不能满足城市配送的物流需求目前城市配送的主要矛盾集中于内环线以内，缺少用于中转的市内仓库，送货困难、卸货困难、客改货现象严重。由于缺乏市区内部的中转仓储卸货网络节点体系，城市仓库的三级网络缺乏支撑，无法建立快速高效的城市配送网络。
危险品仓库布局集中市区不利于监管在浦东新区和金山区，随着国际产业转移，许多国际化工企业落户该区，仅在张江、金桥工业园区就集中了100多家化工生产企业。这些公司的原材料、半成品和产品中相当一部分是危险品，业务增长量非常迅速，因此在浦东新区和金山区两地新增了大量的危险品仓储需求。曹泾化工物流园区在一定程度上解决了金山地区的危险品仓储的问题，但浦东新区考虑到本区的定位与安全问题，计划将现有危险品仓储公司迁出该区，可由于没有专门的危险品用地规划，部门之间的协调不一致，危险品从库存、运输，到按客户要求配送，各项物流功能整合难以实施，造成本地的危险品仓储常常爆满，形成更大的安全隐患。危险品仓储更需要政府统一筹划，既要考虑到传统危险品仓储空间的重新布局，又要考虑到新增需求的地理空间特点，避免出现只迁不建现象。